Программы которые работают от "Администратора" если поместить в "Автозагрузку" то при запуске компьютера они не хотят запускаться? Если же в "Параметрах безопасности - Контроль учётных записей: все администраторы работают в режиме одобрения администратором" поставить - "Отключен" то программы из "Автозагрузки" начинают запускаться но перестаёт работать Метро?
Программы, которые надо выполнять при загрузке с наивысшими правами, нужно добавлять в автозагрузку в планировщике, и ставить там галочку на "выполнить с наивысшими правами".